Am 15. Januar 1953 wurde der grenzüberschreitende Straßenbahn- und Busverkehr zwischen Westberlin und der DDR unterbrochen. Nur die S-Bahn blieb verschont. Die Deutsche Reichsbahn propagierte stolz mit dem Satz "Über alle Sektorengrenzen hinweg rollt Deine S-Bahn". Dennoch wurde der Verkehr auf der Friedhofsbahn ebenfalls und überraschender Weise am 19. Januar eingestellt, als Grund gab man Bauarbeiten an. Doch weder das Gleis, die Strecke oder die Bahnhöfe wurden repariert oder baulich verändert. Nach langem Drängen der Evangelischen Kirchengemeinde fuhr die S-Bahn erst ab 11. September 1954 wieder durchgehend bis nach Stahnsdorf.
Die Friedhofsbahn hatte gemäß dem Anhang zu den Fahrdienstvorschriften (AzFV), Teil II (Ausgabe vom 1.2.1957) die interne Streckennummer 117.
Aus ihr entnahm der Triebwagenführer die für seine zu befahrende Strecke zulässige Höchstgeschwindigkeit. Diese beträgt ab S-Bahnhof Schöneberg bis Stahnsdorf maximal 70 Stundenkilometer. Ab Kilometer 4,00 beträgt die Einfahrt-Höchstgeschwindigkeit in das Stumpfgleis nur noch 30 km/h. Die Abkürzung Kbf weist Stahnsdorf aus Kopfbahnhof aus. Da diese internen Dienstvorschriften vielfach über Jahre hinweg gültig waren, strich ein Reichsbahner nach dem Mauerbau den Endbahnhof Stahnsdorf einfach durch.
Dann kam der 13. August 1961:
Die Bahnmitarbeiterin auf dem S-Bahnhof Stahnsdorf bekommt kurz nach der Abfahrt des S-Bahnzuges unerwarteten Besuch von zwei Männern der Transportpolizei. Der Mitarbeiterin wird befohlen, den Bahnhofsschlüssel auszuhändigen, den Bahnhof zu verlassen und sich am nächsten Tag mit ihrem Dienstleiter in Verbindung zu setzen. Laut Aussage der Männer wird sie ihren Dienst in Stahnsdorf nicht mehr antreten. Damit verliert sie ihren Arbeitsort.
Die Vögel in den Bäumen fangen langsam an zu zwitschern; das Zirpen der Grillen wird ruhiger. Auch der Himmel dämmert langsam der aufgehenden Sonne im Osten entgegen. Wenigstens sie meint es heute gut. Das Brummen der S-Bahn ist verschwunden. Es ist nun eine wirkliche Friedhofsruhe an diesem Morgen des 13. August 1961 eingekehrt, und diese Ruhe hält hier bis heute an. Eine S-Bahn ist seit dieser Nacht nie wieder bis nach Stahnsdorf gefahren.
Die Staatsgrenze zwischen Westberlin und der DDR begann kurz hinter der Königswegbrücke. Die anfangs provisorische Berliner Mauer bestand kurz nach Grenzschließung lediglich aus einfachen Holzbarrieren über dem Gleis. Später wurden diese durch einen Grenzzaun ersetzt. Heute klafft ein riesiger Spalt in dem Gleis der Friedhofsbahn, wo einst die Staatsgrenze Ost und West trennte. Wann dieser entstand ist bisher nicht klar. Die seitlich angebrachten Stromschienen wurden ab der Brücke bis nach Stahnsdorf teilweise gesenkt. Im Jahr 1963 demontierte man einen Teil des auf DDR-Seite befindlichen Gleises samt Stromschienen und Isolatoren, die Materialien wurden auf neu zu errichtenden Strecken wiederverwendet. Das Bahnhofsgebäude in Dreilinden wurde abgerissen; seine Dachziegel fanden ebenfalls in anderen Bauvorhaben ihre erneute Verwendung.
Der Bahnhof Stahnsdorf führte bis in das Jahr 1976 hinein sein gleisloses Dasein. Das prachtvolle Empfangsgebäude wurde eine zeitlang als Lager genutzt, danach sich selbst überlassen und anschließend abgerissen. Der Tunnel, durch den man den Bahnsteig erreichen konnte, wurde mit Bauschutt verfüllt, und das Schmetterlingsdach fand am S-Bahnhof Warschauer Straße eine neue Verwendung. Die Bahnhöfe Stahnsdorf und Dreilinden sollten aus dem Bewusstsein der Anwohner getilgt werden. Interessanterweise behielt die Bahnhofstraße in Stahnsdorf ihren Namen bei.
Das in einem engen Linksbogen (Radius = 280m) liegende Gleis der Friedhofsbahn wird abgebaut (24. September 1986).
Auf Westberliner Seite blieb das Gelände der Friedhofsbahn unberührt, lediglich die Natur begann sich ihr Gebiet zurückzuerobern. 1984 gingen die Betriebsrechte der S-Bahn in Westberlin in die BVG über, diese plante das Teilstück der Friedhofsbahn ab Berlin-Wannsee bis an die Königswegbrücke als Testgleis zu nutzen. Doch das seit 23 Jahren ungenutzte und verrostete Gleis sowie die maroden Bahnschwellen ließen dies nicht zu. Im Jahr 1986/1987 plante die Westberliner Forstverwaltung, das Bahngelände für Wanderer zugänglich zu machen. Dementsprechend wurde das Gleis samt Strom- und Rückleiterschiene und Bahnschwellen bis an die Staatsgrenze der DDR demontiert und die beiden Brücken des Kurfürsten- und Gestellweges abgerissen.
Gerüchten zufolge endete der Leichentransport bereits im Jahr 1952, doch dieser war bis zum Mauerbau auf der Friedhofsbahn aufrecht erhalten worden, auch wenn die Fahrten nicht mehr so oft stattfanden. Allerdings war die Beerdigung von westlichen Bürgen nur mit Einwilligung der DDR möglich, bzw. es mussten Angehörige in der DDR wohnhaft sein. Auch nach dem Mauerbau und der Stillegung der Friedhofsbahn gab es Überführungen ab dem Bahnhof Drewitz nach Stahnsdorf, auch hier musste die DDR zustimmen.
Gleich nach dem Fall der Berliner Mauer am 9. November 1989 setzte sich die Gemeinde Stahnsdorf sofort für den Wiederaufbau der Friedhofsbahn ein. Auch gab es noch den Vertrag, der 1909 zwischen der Staatseisenbahn und der Berliner Stadtsynode geschlossen wurde, in dem festgelegt wurde, dass die Staatsbahn den Betrieb und die anfallenden Reparaturkosten zu tragen hat, somit auch die Kosten einer Wiederherstellung.
Darauf hin reichte im Jahr 2004 die evangelische Kirche Berlin-Brandenburg Klage gegen die Deutsche Bahn AG (DB), der rechtliche Nachfolger der Preußischen Staatsbahn, beim Oberverwaltungsgericht ein, mit der Dringlichkeit, die Trasse ab Berlin-Wannsee über Dreilinden bis nach Stahnsdorf wieder herzurichten, die überlassenen Grundstücke für den Bahnbau an die Kirche zurückzugeben oder einen Schadensersatz von einer Million Euro zu zahlen. Doch laut Urteil sei der Vertrag verjährt, und die DB AG sei nicht in der Pflicht, diesen Vertrag zu erfüllen, denn die Verpflichtung der Bahn endete mit dem Bau der Berliner Mauer im Jahr 1961.
Auch die im Jahr 2005 verlängerte S25 nach Teltow Stadt hat ihre Endstation erreicht, doch die Option, die Trasse zumindest bis nach Stahnsdorf zu führen, wäre realisierbar, denn die Trasse wurde bereits bis 1942 baulich vorbereitet und könnte durchaus genutzt werden.
Dichter Wald statt Zugverkehr: Bahnsteig Dreilinden (17. Oktober 2010).
Die Demontage der Friedhofsbahn aus der Umgebung und damit das Verschwinden aus dem Bewusstsein der Menschen hat längst begonnen. Nur noch wenige Reste der Friedhofsbahn zeugen von der vielseitigen und historischen Bedeutung dieser recht kurzen Bahnstrecke. Demnächst wird die Friedhofsbahn ein weiteres und damit auch das markanteste Bauwerk verlieren - die massive Stahlbrücke über dem Teltowkanal soll laut Aussage der DB Netz AG spätestens im Jahr 2014 abgerissen werden. Die Vorbereitungen laufen seit drei Jahren und nehmen auch immer weiter Gestalt an.
Würden die benachbarten Kommunen die Brücke und die zugehörigen Grundstücke erwerben und die Sanierungs- und Umrüstarbeiten übernehmen, wäre die Brücke noch zu retten. Ein Überqueren des Teltowkanals ist nur noch an der Kleichmachnower Schleuse oder über die alte Autobahnbrücke bei Albrechts Teerofen möglich.
Im April 2014 schrieb die Deutsche Bahn AG die Trasse der Friedhofsbahn auf Brandenburger Gebiet, samt der Brücke über dem Teltowkanal zum Verkauf aus. Die Gemeinden Stahnsdorf und Kleinmachnow haben sich für den Kauf beworben. Der Kaufpreis ist bisher noch unbekannt. Mit dem Kauf soll verhindert werden, dass die Trasse bebaut wird und somit eine Reaktivierung der Friedhofsbahn unmöglich ist. Laut Aussage des Stahnsdorfer Bürgermeisters Bernd Albers sind allerdings keine Gelder für eine Sanierung der Brücke über dem Teltowkanal vorgesehen. Damit würde wieder ein verkehrshistorisches Bauwerk für immer verschwinden.